Na strukturę Stowarzyszenia składają się:
- Zarząd Główny, dzielący się na:
- członków Zarządu
- Prezydium Zarządu (wybierana na 8 lat władza wykonawcza Stowarzyszenia; liczy 5 osób; do ważności wszelkich pism i oświadczeń woli Stowarzyszenia konieczne są podpisy co najmniej dwóch członków Prezydium ) - Sąd Koleżeński (pełni rolę rozjemczą wewnątrz Stowarzyszenia; liczy 5 osób).
- Komisja Rewizyjna (sprawuje doroczną kontrolę nad Stowarzyszeniem; liczy 3 osoby).
- Walne Zgromadzenie członków (władza ustawodawcza; członkiem TWR Polska może być osoba fizyczna, przestrzegająca statutu, płacąca składki i aktywnie zaangażowana w prace Stowarzyszenia).
- Zarząd Honorowy (organ wspierający; propaguje działalność TWR w Polskiej Radzie Ekumenicznej i w
należących do niej Kościołach, udziela pomocy w kontaktach z organami administracji państwowej i innymi organizacjami kościelnymi )
W skład Zarządu Honorowego Stowarzyszenia wchodzą obecnie w Polsce:
ks. bp senior Jan Szarek (Kościół Ewangelicko-Augsburski),
ks. bp Janusz Jagucki (Kościół Ewangelicko-Augsburski, zwierzchnik Kościoła),
ks. bp senior Zdzisław Tranda (Kościół Ewangelicko-Reformowany),
ks. bp Marek Izdebski (Kościół Ewangelicko-Reformowany, zwierzchnik Kościoła),
ks. bp dr Edward Puślecki (Kościół Ewangelicko-Metodystyczny, zwierzchnik kościoła),
ks. rektor Adam Kleszczyński (Kościół Ewangelicko-Metodystyczny),
prezb. Andrzej Seweryn (Kościół Chrześcijan Baptystów),
prezb. Konstanty Wiazowski (Kościół Chrześcijan Baptystów),
dyr. Małgorzata Platajs (Towarzystwo Biblijne w Polsce),
Michał Januszkiewicz (Evangeliums Rundfunk, Niemcy),
George D. Cooper (Zarząd Trans World Radio w Europie, dyrektor na Europę Centralną),
Mirosław Dulęba (Przewodniczący Stowarzyszenia). - Członkowie nadzwyczajni (osoby prawne, wspomagające działalność Stowarzyszenia przez udzielanie poparcia finansowego, merytorycznego, względnie w inny sposób zgodny z prawem; działają w Stowarzyszeniu przez swego przedstawiciela; mają prawo czerpać z doświadczeń i metod działania TWR)
